Der Äolische Archipel besteht aus 7 Inseln, ursprünglich Unterwasservulkane, die vor etwa 700.000 Jahren in der folgenden Reihenfolge aus dem Wasser aufstiegen: Panarea, Filicudi, Alicudi, Salina, Lipari, Volcano und zuletzt Stromboli, der vielleicht etwa 40.000 Jahre alt ist. Das letzte Erscheinen war das von Vulcanello (Halbinsel der Insel Vulcano) im Jahr 183 v. Chr., während die letzten Bimsstein- und Obsidianburgen auf dem Berg Pelato in Lipari vor etwa 1500 Jahren entstanden.

Die ersten Menschen ließen sich einige Jahrhunderte vor 4000 v. Chr. auf den Inseln Lipari und Salina nieder. Angezogen vom Obsidian, dem schwarzen Glas, das aus dem Vulkan von Lipari austrat und zu dieser Zeit eine wichtige Ressource war.
Dieser Vulkan war nach einer Zeit intensiver Aktivität erloschen, was heute auf die industriell genutzten Bimssteine ​​zurückzuführen ist. Als der Mensch die Metallbearbeitung noch nicht beherrschte, war Obsidian das schärfste Material, das man verwenden konnte, und war daher sehr begehrt. Von Lipari aus wurde er in großen Mengen exportiert und der Handel brachte der Insel außerordentlichen Wohlstand.
Etwas mehr als tausend Jahre später, um 3000 v. Chr., als der Oxidhandel seinen Höhepunkt erreichte, begannen die kleineren Inseln des Äolischen Archipels zu besiedeln. In dieser langen Zeit wurden die ersten Menschen aus Sizilien durch andere ersetzt, die vielleicht von den transadrianischen Küsten kamen, um sich dieser außergewöhnlichen Reichtumsquelle zu bedienen und sich auf jener wahren natürlichen Festung niederzulassen, die das heutige Schloss ist.
Nach mehreren Jahrhunderten starker wirtschaftlicher und demografischer Rezession (zweite Hälfte des 3. Jahrtausends v. Chr.) erlebten die Äolischen Inseln eine weitere Blütezeit, als Bevölkerungen aus dem griechischen Festland dorthin übersiedelten. Sie beziehen sich auf den Sagenzyklus aus Homers Odyssee, in der Episode von König Eolo, der Odysseus willkommen heißt, indem er ihm die Dämmerung der Winde schenkt.Sie tauchen kurz nach 2000 v. Chr. auf. Siedlungen aus runden Hütten, umgeben von einer Mauer aus Stein und Schlamm. Um 900 v. Chr. zerstörte die üppige Besiedlung von Lipari fast vollständig die gesamte Insel.
In der zweiten Hälfte des 8. Jahrhunderts v. Chr. beginnt das Phänomen der griechischen Kolonisierung Süditaliens und Siziliens. Lipari wird von einer Gruppe dorisch anmutender Griechen kolonisiert, die eine mächtige Flotte aufstellen mussten, um die Vorherrschaft über das Meer zu sichern.
Lipari blieb lange Zeit in Syrakus, fiel dann unter das Joch Karthagos, das er beim Ausbruch des Ersten Punischen Krieges vorfand, und wurde zu einer der besten karthagischen Marinestationen. Im Jahr 252 n. Chr. Chr. wurde von den Römern erobert und dem Erdboden gleichgemacht.
Im Mittelalter war Lipari ein Pilgerziel, und rund um die Inseln blühen reiche und vielfältige Traditionen. Gerade damals kam es auf der Insel Lipari zu einem plötzlichen Erwachen der vulkanischen Aktivität: Der Krater des Monte Pelato brach riesige Massen von Pomici aus, und der von Pirrera, einem Obsidiangang.
1839 wurde Lipari von einem muslimischen Einfall zerstört, der die Reliquien des Heiligen Bartholomäus entweihte. Diese wurden dann von einigen alten Mönchen eingesammelt und nach Salerno und dann nach Benevento transportiert. Lipari blieb fast mehrere Jahrhunderte lang fast völlig verlassen, bis die Normannen Sizilien zurückeroberten und es zu einer Stadt mit Kern wurde.
Nach zahlreichen Schlachten wurde Lipari von Karl V. wieder aufgebaut und neu besiedelt und folgte seitdem dem Schicksal Siziliens und des Königreichs Neapel.